藏医藏药历史悠久。早在远古时代，生活在西藏高原的居民在同大自然作斗争中逐步认识到了一些植物的性能及其用于治疗的经验;在狩猎过程中，又逐渐知道了一些动物的药理作用。相传在公元前三世纪，就有了“有毒就有药”的说法。
其发展主要分为以下几个阶段：
1.启蒙时期(远古—公元6世纪)
早在公元前几个世纪，藏族人民在与疾病作斗争的过程中，就已经认识到动、植、矿物的某些部分具有解除人体疾病的功效，认为“有毒就有药”(《伦布嗔扬》木刻版第7页)，其后又有用酥油止血，治烧伤、烫伤;用青稞酒通经活络散瘀;用柏树枝、艾蒿熏烟防治瘟疫病等，这些经验都是通过言传口授，世代相传，保存于民间。这是一个漫长的年代，即藏药学的启蒙时期。
2.奠基时期(公元629—846)
公元7世纪初，由囊日松赞开创了统一西藏的宏图，由其子松赞干布继承父业完成了统一西藏的大业，结束了各部落互相兼并的割裂局面，建立了吐蕃王朝(公元629)，建都罗娑(今拉萨)。建政后采取了强化政治、发展经济、振兴文化的一系列措施。以梵文为蓝本，创造了现用的30个字母的藏文。在此期间，唐太宗为密切汉藏两族关系，把宗女文成公主许配给藏王松赞干布，公元641年文成公主进藏时带去了大批书籍和百工技艺人员，其中有医方百种，诊断法5种，医药著作4种(《吐蕃王朝世系明鉴》木刻本第50一54页)。这些医药书籍由汉族僧医马哈德瓦和达马郭叹等译成藏文，命名《医学大全》(藏名《门杰钦木》)，这是最早的一部藏医药着作(现已失传)。
3.形成时期(公元846—1271)
随着吐蕃王朝(公元629—846)的崩溃，继后又因朗达玛王变法，政局混乱，出现割据局面。藏药学的专书在此时期渐次问世，标志着藏药学的开始形成，其特征是：前期(吐蕃王朝时期)是医药融合，以医为主，以药为辅，《四部医典》中虽对药物作了分类，对性味与五源提出论述，但在该书中仍作为辅佐篇，且篇幅很少。而在这一时期，医药各有专著，药学专著不断问世，分化形成藏药学。其代表著作有《甘露精义》、《甘露八部》、《甘露精义八支密讲》、《药诊诸种草本要诀》、《赞木央本草》、《草药性能集——无瑕晶宝》、《药诊八支》、《药方秘要》、《医药方剂集要》、《甘露宝瓶经轮及幻化龙胆草药书》、《草药大全》、《医宗补遗之密药指南》等20命部药学专著。这些专著分别记载了药物的种类、分布生境、性味功效、加工炮制等内容。有的著作是将《四部医典》中药物篇抽出来给予考证或对其中部分药物给予补充増修，如《草药大全》便是一例。它沿用了《四部医典》植物药的分类法和种类，但作了种的补充和生境分布、形态等内容的增补。
4.发展时期(公元1279—1642)
吐蕃王朝崩溃后，西藏出现了分裂割据，藏药学也随之出现了学派争鸣的局面。直到公元13世纪，学派鼎立已形成。成吉思汗兼并西藏(公元1271)为结束分裂割据奠定了基础。帕摩主巴王朝(公元1349—1436)时期利用学派争鸣形成的学术见解，令学者著书立说，从而促进了藏药学的发展。
5.兴盛时期(公元1642—1750)
自第五世达赖(公元1642—1728)于1642年掌握政权后，积极振兴藏医药事业，直至第十世达赖攀权的200年间，始终不渝地发展藏医药学，在西藏地方当局主持下，组织南北两派著名医药学家整理刊印了医药书籍约40余部。如1662年重新刊印了《四部医典》、《宇陀药诊十八支》、《祖先口述》等代表名著。五世达赖期间又召集了全藏知名画家以《四部医典蓝琉璃》为蓝本，结合全藏采集的藏药标本，于1702年绘制了一套彩色医学，包括药物的挂图;以后又根据《晶珠本草》绘制了《晶珠本草药物图鉴丽奇眼饰》的彩色挂图，其种类之多，色彩之协调，形态之相似，在我国药学史上是一个创举。与此同时还著有《医药训诫》、《医药方剂集要》、《百药精要实践之宝库》、《丸药配方》、《药物汇编》《札记集要甘露之滴》、《水银炮制》、((札记美饰甘露药库》、《药物识别》、《制药法》、《散剂制法》、《预防传染病九药方》、《本草》等书。特别值得提出的是《四部医典蓝琉璃》和《晶珠本草》这两部巨著，是标志着藏药学发展兴盛时期的代表作。
6.停滞时期(公元1750—1950)
这一时期主要是英、法帝国主义入侵，加之三大领主的腐败，致使藏药学处于停滞不前的状态。
7.复兴时期(公元1951年以后)
1951年以后，在党的民族政策的光辉照耀下，藏医药事业有了飞跃的发展。自1960年以来，中国医学科学院肖培根、夏光成三次进藏调査藏药资源。中国科学苏西北高原生物研究所潘锦堂等人于1968—1975年、云南药检所杨竞生于1964-1985年、甘肃省中医学院罗达尚1968—1986年先后对青藏髙原的藏药资浪进行了实地调查，特别是罗氏调查时伺持续之久、面积之广、搜集资料之多堪称首位，为藏药资浪开发利用作出了开拓性的贡献。罗氏编汇的藏药名录共收载了近3000种。在调查研究的基础上，参加编著有《青藏高原药物图进》、《藏药标准》、《中国民族药志》、主编有《中国藏药大全》、《中华藏本草》。此外，罗氏还主持译注了《月王药诊》、《四部医典》、《晶珠本草》等藏医药名著。
在药物研制工作方面也已取得了不少成绩，据不完全统计，全国以藏药植物为对象，进行植化、药理、临床研究的约70种，其中有的已广泛用于临床，如山莨菪碱、杜鹃油(原植物为杜鹃多种植物)胶囊、肝炎注射液、乙肝灵等。在继续研究中的有紫重植物对心血管系统疾病方面的防治，瑞香、雪莲花、独一味等用于早期、中期引产，獐牙菜、虎耳草防治肝炎等。这些药物的临床效果，在《晶珠本草》中均有记载。由于历史发展阶段条件不一，藏药事业是波浪式向前发展的。
藏药学著作繁多，理论独特，内容丰富，这是历史上藏药学家建立的不朽功绩，解放后藏药学研究所取得的成统，更是令人欢欣鼓舞;可以相信，藏药学更加兴旺发达的日于不久就会到来，为我国医药学伟大宝库将会更加增辉添彩。