胚胎学是认识和研究人体从开始形成，发育直至分娩，离开母体这一段时间里的各种现象的科学。藏医在这方面有着许多精辟的见解和先进的理论，在世界各国古代医学中都是首屈一指的。
首先是对胎儿形成这一生理现象的认识。藏医认为，胎儿是由父亲的精与母亲的血二者结合而成的，不论是父精，或是母血，只要一方有病，如龙、赤巴、培根有病，就无法受孕，如精或血的外观粗糙，颜色、粘稠度异常，气味不正等，都不会受孕怀胎。在没有显微镜足以观察到细如精子或卵子的结构时，这种描述不仅是自然可取的，而且具有十分重要的意义。因为在旧社会，总是把不孕的责任全归咎于妇女，而藏医却明确提出男女双方有着同样责任，这是完全符合科学道理的。早在1000多年前的《四部医典》中，已经指出人体受孕最合适的日子是在妇女月经来潮后的12天左右，过早过晚，都不易受孕，这一记载，在中国各民族的传统医学中，是最为科学而准确的。书中还指出，在月经前这一时间里，妇女很容易感到身体疲乏、困倦，面色也憔悴，乳房胀，腰背小腹等处微感不适或疼痛；而在易于受孕的时间里，女性常有较强烈的性欲，也是容易受孕之时。
藏医认为，胎儿的形成，还需要正常的“五条件”。所谓“五源”，是指土、水、火、风、空。无独有偶，汉族中医也认为，胎儿形成后，逐渐发育，"四月而水受之，五月而火受之，六月而金受之，七月而木受之，八月而土受之"，二者不谋而合，只是藏医的“五源”与中医的“五行”稍有不同，中医的土，是发育的土地，而藏医的“空”，是胎儿发育的空间，意义上都相差不远，也都认为，这五种必须同时具备，缺一不可，而且五者应互相协调，胎儿才能正常发育。
中国有句古话，叫“十月怀胎，一朝分娩”。中医对胎儿发育的认识，也都以十个月为准，逐月叙述胎儿发育的情况，如南北朝时期的《逐月养胎方》就有"妊娠一月始胚，二月始膏，三月始胞，四月形体成，五月能动，六月筋骨立，七月毛发生，八月腑腑具，九月谷气入胃，十月诸神备，日满即产矣"的记述，用以观察描述胎儿的发育。对此，藏医的认识则更为细致而深入，它是以周日的时间为单位来认识和观察人体胎儿的发育过程的。它认为，胎儿从形成到成熟分娩，需要38周的时间，而这38周具体的发育情况是这样的：
第1周：父精和母血融合，其状正如在牛乳里滴入乳酪酵母，使其得到发育的动力，并且非常融洽；
第2周：胎珠状如乳液凝成的胶状物；
第3周：状如凝结的乳酪或酸奶；
第4周：质地比较坚固的团状物，有的是圆形，有的呈椭圆形，并开始分化出男女的不同性别；
第5周：脐带开始形成，与母体相连；
第6周：与脐带相平衡，形成了一条命脉，使胎儿获得更快发育；
第7周：胎儿的眼睛等感觉器官开始形成；
第8周；胎儿的头部开始形成；
第9周：躯体的上部和下部已经形成；
第10周：胎儿的双肩，两髓胯骨开始形成；
第11周：身体的九窍，即双眼、双耳、鼻、口、阴窍等已经形成；
第12周：心、肝、肺、脾、肾等五脏形成；
第13周：小肠、胆、大肠、胃、膀胱、三木休等六腑已经形成；
第14周：两条上臂、前臂及两条大腿、小腿已经形成；
第15周：胎儿的双手、双肘和双足、双膝已经形成；
第16周：胎儿的十个手指和十个足趾全部形成；
第17周：连结胎儿身体上部、下部及里外的血管、脉络均已形成；
第18周：此时胎儿体内的肌肉和脂肪组织均已出现；
第19周：胎儿体内的韧带、筋膜、肌腱已经出现；
第20周：全身的骨骼和骨骼内所有的骨髓均已形成；
第21周：周身的皮肤开始形成；
第22周：此时身体内的九窍均已开通，开始与外界通流；
第23周：胎儿的头发、指甲、趾甲等出现了；
第24周：上述的五脏六腑的功能已经成熟，胎儿也已经知道疼痛，有所感觉；
第25周：在胎儿体内的脉络中，气已经出现并开始运行；
第26周：胎儿已经开始有意识；
第27周至第30周，是怀孕的第7个月，所有的器官均已成熟，整个胎体也显得圆满；
第31周至第35周，胎儿继续增大，母体与胎儿的精神肉体均互相影响；
第36周：此时胎儿多动，显得对所处的地方很不习惯；
第37周：胎儿似乎显得对所处的地方有反感，不愿再呆在这里；
第38周：胎儿的头部转而朝下，并准备娩出母体了。
从以上所叙述的人体胚胎发育过程来看，藏医对胚胎学的认识，在古代各族医学中，可以说是首屈一指的。尽管以上关于胚胎学的一些描述尚不如现代胚胎学那么精确，但也应看到这样的描述既有其一定的科学性，从历史的观点看，更有其先进性。
就汉族中医学而言，虽然这方面的历史比较早一些，如在马王堆出土的反映汉代以前医学情况的《胎产书》就载有"一月名曰留形，二月始膏，三月始脂，四月而水受之，乃始成血，五月而火受之，乃始成气；六月而金受之，乃始成筋；七月而木受之，乃始成骨；八月而土受之，乃始成肤革；九月而石受之，而始成毫毛，十月气陈"等记载，但至少不如藏医以周计算的发育情况来得详尽。