萨迦本钦时期(公元1265-1354年)、帕竹贡玛时期(公元1354-1618年)和噶玛宗堆王时期(公元1618-1642年)是藏族医学史上持续发展时期。
萨迦本钦时期，佛教由于受到蒙古元朝的扶持，得到持续发展，特别是萨迦派极盛时，在全藏范围内大兴建寺招徒，在中原汉地、蒙古等地也兴建了许多寺院。据史记载，元世祖忽必烈为忏悔征服蛮子(指中原汉族)的暴行，根据帝师八思巴洛追坚赞的建议，下令在西南、江西各地兴建佛教寺院108座。
藏族佛教寺院，既是传教弘法的中心，又是行医济世和传播科学文化的重要基地。
当时由于教派比较多，各教派都涌现出众多精通五明学科的学者。他们著书立说，其中就有许多有价值的医著问世。