藏医早在公元八世纪就可以进行复杂的外科手术，包括脑部开颅，比西医要早１０００多年。藏医巨著《四部医典》中对此也有记载。这部创作于公元八世纪的古书中详细描述了人体的３６０块骨骼以及全身的经络分布情况，并记载了当时各种外科手术器械的大小、规格、操作方法等。
现在普遍认为藏医学起源于２３００多年前，即从佛教传入西藏开始。实际上，古老的藏医外科手术在西藏的原始宗教占统治地位时期就得到了发展。藏医的历史可以追溯到3800多年前，当时西藏的阿里地区有一位名叫常松切布赤西的藏医，擅长治疗骨伤和撞伤。
藏医对人体构造的深入认识与流行于藏族地区的一种丧葬习俗———天葬密不可分。在藏族人看来，死亡是生命轮回的一个阶段，人死后，如果遗体能迅速消失，将有利于灵魂转世。于是，西藏人在死后大都进行天葬，在高僧的主持下，天葬师把遗体切割成碎块喂鸟。高僧在参与天葬的过程中了解到人体构造的秘密，早期藏医外科手术的发展，主要依靠僧侣的推动，而许多著名的医学家，本身就是高僧。
公元七世纪，松赞干布统一青藏高原，建立吐蕃王朝，政治与经济的繁荣推动了藏医的发展，而随着吐蕃王朝的灭亡，西藏出现了割据的局面，外科手术也走向了衰落，许多外科手术的手法在这一时期失传。十七世纪，五世达赖喇嘛时期，西藏进入新的繁荣阶段，藏医学重新得到重视，根据《四部医典》中关于外科手术器械的记载，达赖喇嘛的御医达莫洛桑曲扎在将近１０００年后复制了其中的１００多件，保存在今天的西藏历史博物馆里。而五世达赖喇嘛的一只眼睛曾患白内障，达莫洛桑曲扎就利用其中的一些金制器械做手术，治愈了他的眼睛。
在今天的西藏，藏医手术中的一些方法还在运用，尤其对一些慢性病有很好的疗效。贡觉•旺堆说，比如，传统的放血疗法可以治疗关节炎、皮肤病等，深得到广大藏族人民的信赖。